وعلى الرغم من الفوائد الصحية الكثيرة والمتعددة لهذا المنتج الحيوي، فإنه من الضروري التوقف عند جانب مهم من الجوانب الحيوية له، وهو مايتعلق بإنتاج الكحول الإيثيلي (الإيثانول) فيه. فمن الثابت علمياً أن منتج الكفير يمتاز عن غيره من منتجات الحليب المخمر بقدرته العالية على إنتاج كميات متباينة من ذاك الكحول بسبب وجود خميرة البيرة التي تعتاش مع بكتيريا اللبن معيشة تكافلية فيه، وهو ما ينبني عليه النظر إليه من الناحية الفقهية. فمن المعلوم من الدين أن الشارع الحكيم قد حرم كل ما يسبب السُّكْر ويذهب العقل، انطلاقاً من الحديث الصحيح  للنبي -صلى الله عليه وسلم-:"ما أسكر كثيره فقليله حرام"، مع ما في تفسير هذا الحديث من خلاف في الحد المسببب للسُّكر. وقد قرر علماء الصحة أن أي مشروب أو منتج يتجاوز محتوى الكحول الإيثيلي فيه عن 5 ملليتر لكل 1000 ملليلتر (أي نسبة 0.5%) يعد مشروباً  كحولياً، نظراً لما قد يترتب على تناول تلك الكمية من تراكم للكحول في الدم والتسبب في حالة السُّكر والقدرة على التأثير على قدرات الدماغ العقلية ووظائفه الفسيولوجية في حال الإكثار من ذاك المشروب، في حين تتضاءل احتمالية التراكم أو تكاد تنعدم عندما تقل كمية الكحول عن تلك النسبة المقررة مهما بلغت كمية الشرب، بسبب قدرة الكبد والدماغ على التخلص من آثار الكحول القليلة ومنع تراكمه في الدم، تماماً كما هو الحال في بعض الأغذية والمشروبات الطبيعية المحللة كالخبز والمخلالات وبعض عصائر الفواكه الطبيعية.

وعوداً إلى التحليل الكيماوي في منتج الكفير، يتبين أن محتوى الإيثانول فيه يساوي صفر، في حين قد يصل إلى نسبة 1.5%،  وقد ترتفع النسبة إلى 4% في بعض الظروف؛ مما يجعل منه حينها مشروباً كحولياً بامتياز. ويعزى هذا التفاوت في كمية الكحول في ذلك المنتج إلى عوامل عدة، مثل: كمية البادئة الميكروبية، والمدة الزمنية لعملية التخمير في الحليب، ودرجة الحرارة التي يوضع بها الحليب خلال عملية التخمير. إذ تزداد نسبة كحول الإيثانول كلما ازدادت مدة التخمير، وكلما ارتفعت درجة حرارة الجو المحيط، كما تزداد نسبة الكحول بزيادة كمية البادئة الميكروبية المستخدمة، والذي يفتح المجال لتخمير كمية أكبر من السكريات في وحدة الزمن. وبالنظر إلى تلك العوامل، فإننا نجد أنها عوامل يمكن التحكم بها والسيطرة عليها، مما يعني أن عملية إنتاج الكحول يمكن أن  تكون في أدنى مستوياتها بحيث لا تتاح الفرصة لإنتاج كميات من الإيثانول، وقد يتم التحكم بها للعمل على زيادة كمية الكحول فيها إلى النسب المرتفعة المذكورة آنفاً.